В настройках во вкладке Интеграция с ИБ указать нужную конфигурацию.
Во вкладке Свои остатки поставить галочку Использовать типовую загрузку остатков и заполнить параметры в таблице. (На скриншоте заполнение параметров на примере конфигурации Альфа-Авто6. Параметры на других конфигурациях могут отличаться.)